La realització del màster en Sistema de Justícia Penal permet als estudiants que així ho desitgin la possibilitat d'accedir als estudis de doctorat.

A continuació s'indiquen els diferents programes de doctorat que s'oferten a les universitats participants al màster:

- Universitat de Lleida: programa de doctorat en Dret i Administració d'Empreses

- Universitat Jaume I: programa de doctorat en Dret

- Universitat Rovira i Virgili: programa de doctorat en Dret

- Universitat d'Alacant: programa de doctorat en Dret